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Document computationnel avec R

Pour le partage et la reproductibilité de ses analyses

Auteur·es

Hugues Pecout

Date de séance

3 octobre 2023

Après plus de 50 en de recherche & développement, les notebooks (documents computationnels) apparaissent aujourd’hui comme un format de publication efficace dans le domaine de recherche scientifique. Cette pratique, bien développée dans la communauté R, permet autre autre de partager et valoriser ses traitements et ses analyses réaliser en langage de programmation. Les différentes fonctionnalités mises à disposition par les systèmes de notebook en font également aujourd’hui un format légitime pour la publication de diaporama, de manuel, de livre et même de site web.

Cette séance vise à introduire le paradigme de programmation lettrée, le concept des notebooks, ainsi que les fonctionnalités et les différents cas d’usage des documents computationnels. Des exercices pratique sont proposées avec rmarkdown et quarto.


Plan de séance

  1. Introduction au Literate Programming
  2. Les documents computationnels ?
  3. Principes et fonctionnement d’un notebook
  4. Premiers pas avec le package rmarkdown
  5. Mise en pratique avec Quarto


Support de présentation et exercices :


Consulter en plein écran


Conditions d’utilisation :

Le support utilisé pour cette séance est libre d’utilisation et d’adaptation (licence CC BY-NC-SA 3.0). Vous devez néanmoins créditer l’œuvre, indiquer les éventuelles modifications et utiliser les mêmes conditions de partage.


Bibliographie
Allaire J, Xie Y, Dervieux C, McPherson J, Luraschi J, Ushey K, Atkins A, Wickham H, Cheng J, Chang W, et al. 2023. rmarkdown: Dynamic Documents for R. Disponible sur: https://github.com/rstudio/rmarkdown
Allaire JJ, Teague C, Scheidegger C, Xie Y, Dervieux C. 2022. Quarto DOI: 10.5281/zenodo.5960048
Barnier J. 2022. rmdformats: HTML Output Formats and Templates for ’rmarkdown’ Documents. Disponible sur: https://CRAN.R-project.org/package=rmdformats
Xie Y, Allaire JJ, Grolemund G. 2018. R Markdown: The Definitive Guide. Chapman; Hall/CRC: Boca Raton, Florida. Disponible sur: https://bookdown.org/yihui/rmarkdown
Xie Y, Dervieux C, Riederer E. 2020. R Markdown Cookbook. Chapman; Hall/CRC: Boca Raton, Florida. Disponible sur: https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook
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